Le logiciel de correction d'image simplifie la quantification des cellules souches – ScienceDaily

Aujourd'hui, le suivi du développement des cellules individuelles et la détection des facteurs associés au microscope ne sont rien d'inhabituel. Cependant, les handicaps comme les ombres ou les changements en arrière-plan compliquent l'interprétation des données. Maintenant, les chercheurs de l'Université technique de Munich (TUM) et de Helmholtz Zentrum München ont développé un logiciel qui corrige les images pour rendre les étapes de développement jusqu'alors cachées visibles.

Lorsque les cellules souches se développent en cellules spécialisées, cela se produit en plusieurs étapes. Mais quelles protéines réglementaires sont actives pendant la ramification décisive sur le chemin du développement? À l'aide de ce qu'on appelle la microscopie temporelle, les chercheurs peuvent observer des cellules individuelles à des résolutions de temps très élevées et, en utilisant l'étiquetage fluorescent, elles peuvent reconnaître précisément quelles protéines apparaissent dans la cellule.

Une fois qu'une cellule souveraine a été identifiée, elle peut être observée de près pendant plusieurs jours en utilisant un logiciel de suivi des cellules. Pourtant, ce «travail de surveillance» s'avère souvent difficile. "Les données d'imagerie sont fréquemment marquées par une luminosité irrégulière et des arrière-plans décolorés dans le temps mort", explique le Dr Carsten Marr, qui dirige le groupe de travail Quantitative Single Cell Dynamics à l'Institute of Computational Biology (ICB) du Helmholtz Zentrum München. "Cela rend difficile ou impossible de détecter les protéines qui sont décisives lorsqu'une cellule opte pour une direction de développement spécifique, ce qu'on appelle des facteurs de transcription".

Algorithmes qui filtrent ces types d'artefacts existent, …

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